Hana Kubátová patrí k popredným slovenským historičkám, ktoré sa systematicky venujú dejinám holokaustu na Slovensku a slovensko-židovským vzťahom počas druhej svetovej vojny. Pôsobí ako docentka na Inštitúte politologických štúdií Fakulty sociálnych vied Univerzity Karlovej v Prahe, kde sa dlhodobo profiluje ako odborníčka na obdobie vojnového Slovenského štátu (1939 – 1945), na otázky antisemitizmu, kolaborácie, kolektívnej pamäti a povojnového vyrovnávania sa s minulosťou.
Širšiu odbornú aj verejnú pozornosť si získala monografiou „Nepokradeš! Nálady a postoje slovenskej spoločnosti k židovskej otázke, 1938 – 1945", v ktorej na základe dobových prameňov rekonštruuje, ako väčšinová slovenská spoločnosť reagovala na arizáciu, deportácie a prenasledovanie svojich židovských spoluobčanov. Kniha je dnes považovaná za jeden zo základných titulov v slovenskej historiografii holokaustu, pretože presúva pozornosť z úzko politických dejín k sociálnym dejinám každodennosti, postojov a morálnej zodpovednosti.
Do povedomia širšej verejnosti sa dostala knihou Kde líšky dávajú dobrú noc, v ktorej mapuje dejiny holokaustu a kresťanského nacionalizmu na Slovensku a odkrýva mechanizmus jeho šírenia, pričom búra mnohé zakorenené dogmy.
Kubátová pravidelne publikuje v zahraničných odborných periodikách ako Holocaust and Genocide Studies, Yad Vashem Studies či East European Jewish Affairs a podieľa sa na medzinárodných výskumných projektoch porovnávajúcich osudy židovských komunít v stredoeurópskom priestore. S českým historikom Janom Láníčkom spolupracovala aj na publikáciách venovaných česko-slovenským postojom k židovskej otázke. Je tiež aktívna v popularizácii dejín a v diskusiách o spôsoboch, akými spoločnosť na Slovensku dodnes pristupuje k svojej minulosti, čím prispieva k tomu, aby výskum holokaustu nezostal len akademickou, ale aj občianskou témou.